В качестве национальной валюты могут быть хоть китайские юани. Важно одно:
Валюта считается национальной, если ее курс равен единице!
Если сумма в столбце "в национальной валюте" отличается от суммы "в валюте счета", то это значит, что курсы этих валют не равны. Курс национальной валюты, гражданином какой бы страны вы не являлись равен = 1.00
Как видите, все просто

Просто добавьте свою валюту в справочник валют (если она там отсутствует), затем нажмите кнопку динамика и добавьте единственное значение курса для нее, на текущую дату = 1.00
Для удобства работы с национальной валютой, т.е. для автоматической подстановки этой валюты в окно добавления операции по счету, можно задать в настройках программы ЛЮБОЕ значение.
"Опции"->"Настройки"->"Значения по умолчанию"->"Валюта"
Обратите внимание, что программа умеет обновлять курсы валют автоматически, получая данные непосредственно с серверов национальных банков России, Украины, Белоруссии.